Mezi ty nejznámější patří prodej svazového domu v Kozí ulici v centru Prahy. Svaz se jej v roce 2006 rozhodl prodat. Oficiálním důvodem byly vysoké náklady na údržbu a opravy objektu.
Problém ale nastal, když se vedení svazu objekt rozhodlo prodat údajně až páté nejvyšší nabídce. Šéf olomouckého fotbalového klubu a kritik Pavla Mokrého Jiří Kubíček tehdy tento krok tvrdě kritizoval do médií. Za to si od disciplinární komise svazu odnesl "flastr" dvaadvaceti měsíců zákazu výkonu funkcionářské činnosti.
V budově v Kozí ulici sídlila i nyní policií prověřovaná firma Fotbal Trading, kterou svaz stoprocentně vlastní. Svoji kancelář v ní měl i místopředseda ČMFS Vlastimil Košťál.
Právě s jeho osobou je spojena další fotbalová aféra a tou je projekt národního fotbalového stadionu. O něm se začalo uvažovat po finančně velmi úspěšném účinkování české reprezentace na Euru vroce 2004. Původně se hovořilo o stavbě Národního stadionu o kapacitě padesát tisíc diváků na Strahově a následně i ve Stodůlkách. Později se do hry vložil přímo Košťál a v roce 2006 přišel s nápadem nový "svatostánek fotbalu" vystavět na Letné.
Celou věc si vzal osobně za svou a nechal zpracovávat projekty. Postupem času však s tím, jak reprezentace z velkých turnajů nepřivážela výrazné úspěchy, finanční kohoutky do ČMFS přestaly přivádět dostatek peněz. Od projektu Národního stadionu bylo vedením svazu odstoupeno. Náklady však do té doby spolykaly přes jedenáct milionů korun.
Revizní a kontrolní komise ČMFS ale nyní konstatovala, že uskutečněné práce na projektu mají hodnotu maximálně čtyři a půl milionu. Na jednání poslední valné hromady před třemi týdny proto její členové navrhovali předat věc policii a dohledat viníka.
Další kritizovanou věcí se stal prodej lístků fotbalovým fanouškům na jednotlivé šampionáty, které ČMFS nezanášel do svého účetnictví. Právě to má být předmětem současného policejního vyšetřování.
Zmíněný olomoucký funkcionář Kubíček navíc v minulosti kritizoval i vyúčtování nákladů za EURO 2004. V účetnictví se podle něj ztratily desítky milionů korun za různé cesty a další služby.
